Az adatvédelmi követelmények a mikrocenzus minden területén megjelennek. A mikrocenzusról szóló 2015. évi X. törvény kimondja, hogy az adatgyűjtést úgy kell végezni, hogy az adatokat személyazonosításra ne lehessen felhasználni. Fontos adatvédelmi kritérium, hogy „a mikrocenzus során gyűjtött adatok kizárólag statisztikai célra használhatók”.

A mikrocenzus kérdőívei nem tartalmaznak nevet, és a Központi Statisztikai Hivatal biztosítja, hogy az adatfeldolgozást követően az adatokat ne lehessen az adatszolgáltatókkal összekapcsolni. Az adatvédelmi, adatbiztonsági követelmények betartásáért a KSH a felelős, tevékenységét a Nemzeti Adatvédelmi és Információszabadság Hatóság kíséri figyelemmel.

A mikrocenzus folyamatának minden résztvevőjét szigorú titoktartás köti. A számlálóbiztosok területi szerződésében szerepel a titoktartási kötelezettség, a szakmai irányítást végző KSH munkatársakat pedig a statisztikai törvény és a közszolgálati tisztviselőkről szóló törvény kötelezi az adatok bizalmas kezelésére.

A számlálóbiztosnak a terepmunka során névre szóló azonosító kártyával, valamint a személyazonosságát igazoló fényképes okmánnyal (személy igazolvány, útlevél vagy jogosítvány) kell igazolnia magát.

A mikrocenzus elektronikus kérdőívei biztonságos, zárt rendszerben tárolódnak. Az internetes kitöltést az adatszolgáltatók az egyedi azonosító kódok segítségével végezhetik. Az eljárás garantálja, hogy illetéktelen személyek nem férhetnek hozzá az adatokhoz, mivel az interneten kitöltött kérdőívek a lezárást követően azonnal a KSH rendszerébe kerülnek. A számlálóbiztosok által laptopon vagy tableten kitöltött elektronikus kérdőívek legkésőbb az adott nap végéig a KSH adatfeldolgozó rendszerébe kerülnek.

A felhasználók számára történő adatkiadások, a kiadványok, a tájékoztatási célt szolgáló adatbázisok előállítása a legszigorúbb adatvédelmi szabályoknak megfelelően történik. Az adatközlés statisztikai összesítések formájában valósul meg. A statisztikai adatok védelmét a statisztikai törvény és az adatvédelmi törvény szabályozza.