Az adatvédelmi követelmények a mikrocenzus minden területén megjelentek. A mikrocenzusról szóló 2015. évi X. törvény kimondta, hogy az adatgyűjtés során „az adatokat személyazonosításra alkalmatlan módon kell felvenni”. Másik fontos adatvédelmi kritérium volt a törvényben, hogy „a mikrocenzus során gyűjtött adatok kizárólag statisztikai célra használhatók”. A mikrocenzus kérdőívei nem tartalmaztak nevet, és a Központi Statisztikai Hivatal biztosítja, hogy az adatfeldolgozást követően az adatok ne legyenek összekapcsolhatóak az adatszolgáltatókkal. Az adatvédelmi, adatbiztonsági követelmények betartásáért a KSH a felelős, tevékenységét a Nemzeti Adatvédelmi és Információszabadság Hatóság kíséri figyelemmel.
A résztvevőknek a mikrocenzus teljes folyamatában szigorú titoktartási kötelezettsége volt. Ez szerepelt a számlálóbiztosok és területi szervezők szerződésében. A szakmai irányítást végző KSH munkatársakat a statisztikai törvény és a közszolgálati tisztviselőkről szóló törvény kötelezi titoktartásra.
A KSH előírása az adatvédelemről a számlálóbiztosok részére a következő volt:
„A mikrocenzus előkészítésének és végrehajtásának minden szakaszában ügyelni kell az adatvédelem szempontjaira. A számlálóbiztos az adatok felvételéhez használt informatikai eszközt köteles biztonságosan tárolni, a rögzített adatokat más személynek nem mutathatja meg, a tudomására jutott adatokat más személy nem ismerheti meg (beleértve a családtagokat, munkahelyi kollégákat, más számlálóbiztosokat is).
A számlálóbiztos a szerződés aláírásával vállalja, hogy a kapott válaszokat, illetve a tudomására jutott egyéb információkat bizalmasan kezeli, nem él vissza velük, az elektronikus kérdőívekről vagy azok egyes részleteiről másolatot, kivonatot, fotót, feljegyzést nem készít, azokról összesítést nem végez.
A számlálóbiztosnak a terepmunka során igazolnia kell magát. Ezt az összeírási anyagokkal egyidejűleg átadott névre szóló igazolvánnyal teheti meg, amely a személyazonosságát igazoló okmányával (személyi igazolvány, útlevél vagy jogosítvány, a továbbiakban: személyi igazolvány) együtt érvényes.
A számlálóbiztos az adatfelvétel időszaka alatt a KSH céljára történő összeíráson kívül a kijelölt címen semmilyen más adatgyűjtésben nem vehet részt és ügynöki tevékenységet sem végezhet. A megismert adatokat saját céljára, esetleg üzleti tevékenységéhez nem használhatja fel.”
A mikrocenzus elektronikus kérdőíveit biztonságos, zárt rendszer tárolta. Az internetes kitöltést az adatszolgáltatók az egyedi azonosító kódok segítségével végezhették el. Ez az eljárás garantálta, hogy illetéktelen személyek ne férhessenek hozzá az adatokhoz. Az interneten kitöltött kérdőívek a lezárást követően azonnal a KSH rendszerébe kerültek. A számlálóbiztosok online módban használták a laptopot vagy tabletet, a kitöltött kérdőívek lezárását követően az adatok azonnal bekerültek a központi adatbázisba. Ahol az online adatfelvétel nem volt megoldható, ott a kitöltött elektronikus kérdőívek az adott nap végén kerültek fel a KSH adatfeldolgozó rendszerébe, addig kódolva tárolódtak.
Az adatfeldolgozást követően a címeket és az adatállományt egymástól elkülönítetten tároltuk.
A felhasználók számára történő adatkiadások, a kiadványok, a tájékoztatási célt szolgáló adatbázisok előállítása a legszigorúbb adatvédelmi szabályoknak megfelelően történik. Az adatközlés statisztikai összesítések formájában valósul meg. A statisztikai adatok védelmét a statisztikai törvény és az adatvédelmi törvény szabályozza. Ezek mellett a KSH elnökének több előírása, utasítása is az adatvédelem részletes intézkedéseiről, megvalósítási módjáról szól. A jogszabályok és az ezek alapján alkalmazott eljárások védik a mikrocenzus során gyűjtött egyedi adatokat a nyilvánosságra kerüléstől, felfedéstől.